| 职能部门： | |||
| 办公室 党委办公室（监察与审计处） | |||
| 人事处 | |||
| 科研处 | |||
| 成果转化处 | |||
| 财务处 | |||
| 条件处 | |||
| 资产处 | |||
| 研究部门： | |||
| 水产种质资源与遗传育种研究室 | |||
| 水产养殖与营养研究室 | |||
| 水产病害与免疫研究室（水生实验动物研究室） | |||
| 渔业资源生态研究室 | |||
| 渔业环境保护研究室 | |||
| 水产生物技术研究室 | |||
| 观赏渔业研究室 | |||
| 水产品质量与安全研究室 | |||
| 珠江流域渔业生态保护研究中心 | |||
| 挂牌机构： | |||
| 农业农村部水产种质监督检验测试中心（广州） | |||
| 科研平台： | |||
| 重点实验室： | |||
| 农业农村部休闲渔业重点实验室 | |||
| 农业农村部渔用药物创制重点实验室 | |||
| 农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室 | |||
| 广东省水产免疫技术重点实验室 | |||
| 工程技术研究中心： | |||
| 广东省水产疫苗工程技术研究中心 | |||
| 广东省水产良种工程技术研究中心 | |||
| 广东省现代休闲渔业工程技术研究中心 | |||
| 广东省水产养殖污染修复生态工程技术研究中心 | |||
| 产业技术创新联盟： | |||
| 大阳城43335集团娱乐鳗鲡产业技术创新联盟（副理事长单位） | |||
| 大阳城43335集团娱乐渔业科技创新联盟（参与） | |||
| 冷水鱼产业技术创新战略联盟（副理事长单位） | |||
| 南海渔业科技创新联盟（参与） | |||
| 广东省渔药产业技术创新战略联盟（理事长单位） | |||
| 广东海洋创新联盟（参与） | |||
科学观测实验站： | |||
| 大阳城43335集团娱乐渔业资源环境广州观测实验站 | |||
| 农业农村部珠江中下游渔业资源环境科学观测实验站 | |||
| 农业农村部珠江流域渔业生态环境监测中心 | |||
| 其他平台： | |||
| 广东水产动物中心医院（珠江水产医院） | |||
| 实验基地： | |||
| 广州芳村实验基地 | |||
| 肇庆高要实验基地 | |||
| 佛山三水实验基地 | |||
| 科技企业： | |||
| 广州先得生物技术有限公司 | |||
| 广州普麟生物制品有限公司 |
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